С 2008 года Месси состоит в отношениях с Антонеллой Рокуццо[487]. Они вместе выросли в Росарио и знают друг друга с пяти лет, Рокуццо — двоюродная сестра лучшего друга детства Месси, Лукаса Скальи, который также был футболистом[488]. 2 ноября 2012 года у Месси и Рокуццо родился сын Тьяго. Месси вытатуировал на левой голени имя первенца. 11 сентября 2015 года у пары родился второй сын — Матео[489]. 10 марта 2018 года родился третий сын — Чиро[490]. Долгое время Месси и Рокуццо жили в неформальном браке, официальная свадьба состоялась лишь 30 июня 2017 года в отеле Росарио через несколько дней после 30-летия Месси[491]. Обычно Месси празднует забитые мячи поднятием обеих рук вверх, указывая пальцами на небо. Он делает это в честь умершей бабушки, посвящая ей свои голы[492] В 2009 году Месси стал крёстным отцом сына Серхио Агуэро Бенхамина[493]. По словам самого Месси, все его близкие друзья также футболисты. Помимо Лукаса Скальи, это защитник Леандро Бенитес и вратарь Хуан Крус Легисамон. Также Месси поддерживает связь со школьной подругой Синтией Арельяно[494]. Он поддерживает тесные отношения со своими ближайшими родственниками, особенно со своей матерью Селией, лицо которой Месси вытатуировал на левом плече. Члены семьи также принимают участие и в карьере самого Месси: его отец, Хорхе, с 14 лет является агентом игрока, а его старший брат Родриго отвечает за распорядок дня и рекламу. Его мать и другой брат Матиас управляют благотворительной организацией Месси, а также ведут его дела в Росарио